六次上书中央谈三峡问题
1980年2月26日，在度过了22年半的右派生涯后，黄万里终于获得了右派“改正的决定”。决定只有短短几行，称：“黄万里同志原划右派问题属于错划。经中共北京市委批准予以改正。恢复政治名誉，恢复高教二级教授的工资待遇。”
经历了20多年的冤屈镇压，黄万里仍没学会看政治风向表达学术观点。从上三峡大坝的消息传出后，黄万里就先后给众多国家领导人上书，不遗余力地反对在长江三峡上建大坝。
他认为：从自然地理观点，长江大坝拦截水沙流，阻碍江口苏北每年十万亩的造陆运动；淤塞重庆以上河槽，阻断航道，壅塞将漫延到泸州、合川以上，势必毁坏四川坝田。目前测量底水输移率尚缺乏可靠的手段，河工模型动床试验在长期内长段落中尚欠合理基础，只可定性，不能定量，不足以推算长江长期堆积量。故此而论， 长江三峡大坝永不可修 。如果是为了发电，可在云贵湘鄂赣各省非航道上建大中型电站，它们的单价低、工期短，经济效益比三峡大坝发电要大四倍以上。就流域经济规划而言，也应先修四川盆地边缘山区之坝，如乌江电站等为宜。
此外，从国防的角度看，大坝建起来后无法确保不被敌袭，也很不安全。黄万里预言：“ 三峡高坝若修建，终将被迫炸掉。 ”同时，他还指出，公布的论证报告错误百出，必须悬崖勒马、重新审查，建议立即停止一切筹备工作，分专题公开讨论，不难得出正确的结论。
1986年，中共中央、国务院决定对三峡工程进行论证，黄万里教授没有被邀请参加工程论证。黄万里数次给中央领导人和政治局，国务院总理、副总理、国家监察部写信，痛述三峡工程的危害。要求中央决策层给他半个小时的时间，陈述为什么三峡工程永不可建的原因。但没有答复。
黄万里晚年病重昏迷中仍喃喃呼出：“三峡！三峡，三峡千万不能上！”2001年8月27日，他带着无尽的遗憾离开了人世。
黄万里报憾辞世
“圣人出，黄河清”是封建时代的人文思维，带有谶纬迷信色彩，在严肃的科学论证面前，本来上不得台面。但当时的某些参与决策者，竟然将这种腐朽观念奉若神明。苏联专家不会懂得这个掌故，肯定是中国人才会搬出这种错误的人文思维作为武器，为错误的技术思维开路。该工程当时没有问责制，如今要想问责，主要决策者已经不在了，剩下几个技术官僚和科学“泰斗”，在责任上“顾左右而言他”，肉烂嘴不烂。
在既有三门峡和阿斯旺的前车之鉴、国内也存在众多反对意见的背景下，三峡工程议案于1992年被七届人大五次会议以1767票通过，反对177票，弃权664票，赞成票数之少，在人大历史上是空前的。
国家机器需要“标准件”，“独立思想者”如黄万里教授者，在历次政治运动中纷纷落马，或被弃置不用，形成了人才选拔上的“精英淘汰制”，这就为好用听话的“标准件”入选创造了条件。经过“文革”对文化、道德的摧残，急功近利的技术思维逐渐占据上风，也就不足为怪了。
三门峡工程不足四年就现世现报，水利工程逐渐变成了“水害工程”。在难以逆转的生态灾害形成之后，如何恢复生态，能否拆除这个废物，就成了谁也负责不了的“老大难”。谁又能够想象，将来三峡工程正式退休以后，后代子孙该如何为它老人家送终？
黄万里在有生之年，看到自己对三门峡的意见不幸言中，痛心疾首，反复叨念：“他们没有听我一句话！”晚年病重昏迷中喃喃呼出：“三峡！三峡，三峡千万不能上！”带着无尽的遗憾离开了人世。如今三峡工程竣工，库区清污成本和长江航运成本剧增，已是不争之事实。据三峡工程防汛办提供的气象资料显示，“今年（编者按：指2005年，下同）4月份三峡坝区天气复杂和剧烈变化程度为近50年同期所少见”，请看《中国三峡工程报》的报道：“今年4月三峡坝区气候反常。气温并没随夏季的到来逐渐上升，反而呈下降趋势。4月末平均气温不足12摄氏度，4月中旬周边山区还出了较大范围的降雪，月内有3次降温过程，温差升降剧烈、颠倒错位的现象严重。另外，4月份全月降水量为236.5毫米，破坝区近10年降水量最高纪录，破宜昌地区近118年同期降水量最高纪录。”
三峡库区地质环境复杂，暴雨、洪水频发，自古以来就多滑坡。三峡大坝坝址附近区域为坚硬的花岗岩，向上游则多以碎屑岩、碳酸岩为主,包括侏罗纪遗址的粉砂岩。地质容量、环境容量的天然不足，仅国土资源部查明的滑坡就有2490处。近两年我国南北气候反常，今年重庆地区大雨滂沱，多处发生山体滑坡。这些现象是否与生态上的变异有关，虽有待专家们继续观察论证，恐怕也无须久待。
